Yat Limanı arkasında bulunan kalede yer alan Marmaris Müzesi, kalenin 1980–1990 yılları arasında restore edilmesiyle 1991 yılında ziyarete açılmıştır.Beşik tonozlu giriş bahçeye açılmaktadır.Avlunun sağındaki ve solundaki merdivenler surlara çıkış sağlamaktadır.Beşik tonozlu mekanlardan ikisi Arkeoloji Salonu olarak düzenlemiştir.
Bu salonlarda Helenistik, Roma, Bizans dönemlerine ait amphoralar ile Knidos, Burgaz, Hisarönü kazılarından çıkarılan pişmiş toprak kandiller, figürinler, cam eserler, sikkeler, süs eşyaları sergilenmektedir.
Etnografya Salonu’nda ise, Osmanlı dönemi sonuna tarihlenen günlük yaşamla ilgili dokuma, halı, kilim, mobilya, bakır mutfak eşyaları, silahlar, takılar sergilenmektedir.Ayrıca bahçede de çeşitli taş eserler bulunmaktadır.
